Mungesa e një sistemi të vetëm të integruar për udhëzime, raporte mjekësore dhe faturim, si dhe dobësi të konsiderueshme në zbatimin e kontrolleve në institucionet shëndetësore nga ana e Fondit për Sigurim Shëndetësor, janë konstatuar nga auditorët pas revizionit të kryer, përcjell TV21. Sipas tyre, aktivitetet e kontrollit mbi ofrimin e shërbimeve shëndetësore në institucionet shëndetësore nuk janë vendosur apo zbatuar siç duhet, prandaj nuk është siguruar konfirmimi i plotë i faturave për shërbimet e kryera.
Ndër të tjera, revizorët kanë konstatuar se në procedurën për dërgimin e të siguruarve për trajtim jashtë vendit ekzistojnë disa dobësi dhe parregullsi, si mungesa e mbrojtjes ligjore adekuate për aplikuesit dhe mungesa e kontrollit dhe sistemit për ndjekjen e suksesit të trajtimit jashtë vendit.